В фондах Зоологического музея хранятся обширные энтомологические коллекции, в том числе коллекции чешуекрылых или бабочек. Первые из них в 1888 году пожертвовал Томскому университету петербургский купец В.М. Сидоров, по желанию которого в Томск были отправлены 2,5 тыс. экземпляров представителей отряда насекомых палеарктической и экзотической фауны. Коллекция была отправлена без специально приспособленных ящиков для упаковки и сильно пострадала при перевозке. Многие экземпляры бабочек оказались поврежденными, перемешались этикетки с их названиями. В результате работы с пострадавшей коллекцией удалось восстановить только 627 экземпляров бабочек почти исключительно европейских видов. Они были размещены в специальных коробках.
Описание сохранившейся части коллекции сделал инженер Томской железной дороги, энтомолог-любитель А.А. Мейнгард. Он также передал в дар Зоологическому музею редкую коллекцию экзотических тропических бабочек (Парусников и Птицекрылов), собранных доктором медицины Пьером Жане на территории Индокитая и Дальнего Востока в начале ХХ века. Сегодня собрание французского ученого представляет раритетный фонд музея.
Занимательным является тот факт, что в коллекции чешуекрылых имеются виды, названия которых восходят к персонажам великих поэм Гомера «Илиада» и «Одиссея». Основы этой традиции заложил в конце XVIII века Карл Линней, давший наименования более 70 видам бабочек. Университетская коллекция П. Жане включает Парусники Елена, Парис, Агамемнон, Памон, Мемнон, Антипат, Сарпедон, Полит, Демадок и Макария, а также несколько вариаций вида Хилады Клитии