В книжном фонде музея истории ТГУ условно можно выделить несколько категорий изданий. Прежде всего это научные издания, авторами которых являются профессора и ведущие ученые Томского университета: М.Г. Курлов, Н.Ф. Кащенко, В.В. Сапожников, И.А. Малиновский, М.Д. Рузский, В.Д. Кузнецов, А.Я. Булынников, Б.П. Токин, Б.Г. Иоганзен, А.В. Положий, Р.Н. Щербаков, М.В. Тронов и др. Некоторые из них имеют дарственные надписи авторов. Кроме монографий в фонде имеются и периодические издания, содержащие научные работы этих и других ученых Томского университета: «Известия Института исследования Сибири», «Ученые записки Томского государственного университета», «Труды Томского государственного университета».
Отдельного внимания заслуживают книги, содержащие материалы о зарождении и становлении томских научных школ, сформировавшихся в стенах университета: «Развитие терапии в Сибири (М.Г. Курлов и его школа)» (1981) В.С. Егай; «Томская школа микробиологов» (1986) Г.И. Мендриной, Н.В. Васильева; «Сибирская школа фармакологов» (1990) А.И. Венгеровского с дарственной надписью от автора; «Научные общества в Томском университете в дореволюционный период» (2013) С.А. Некрылова и др.
В библиотеке музея хранится ряд книг и журналов, изданных в 1930-1980-х гг., посвященных биографии и революционной деятельности В.В. Куйбышева, есть книги, принадлежащие перу самого Куйбышева: «Эпизоды из моей жизни» (1937) и «Избранные произведения» (1958). В библиотеке представлены издания, раскрывающие историю становления университета на ранних этапах, историю создания факультетов, жизнь университета в годы Великой Отечественной войны. Значительное количество современных изданий посвящено истории Томска – это исследования Н.М. Дмитриенко, Э.И. Черняка, А.Н. Жеравиной, В.Г. Залесова; фотоальбомы с видами города. Также книжная коллекция включает издания по музеологии.
Всего книжный фонд музея насчитывает около 500 изданий, самые ранние из которых были выпущены в 1880-х годах, некоторые из них отсутствуют в фондах библиотек города. Сотрудники музея и студенты-волонтеры из центра UNIVOL ведут работу по описанию книжной коллекции; в публикациях в социальных сетях знакомят подписчиков с отдельными изданиями. В перспективе планируется поставить фонд на учет в Научной библиотеке Томского государственного университета, что сделает его доступным широкому кругу читателей.
