В книжном собрании Музея истории, археологии и этнографии Сибири им. В.М. Флоринского находится более 12 тысяч томов. Среди них — множество дореволюционных изданий, самые ранние из которых датируются началом XIX века.
Библиотека начала формироваться одновременно с поступлением в музей первых экспонатов, и в этом есть заслуга Василия Марковича Флоринского, одного из устроителей университета.
— Василий Маркович состоял в переписке со многими выдающимися людьми своей эпохи — рассказывает заведующий музеем И.Н. Коробейников. — Некоторые из них становились меценатами университета. Например, в нашем собрании есть книги с владельческими подписями известных сибирских исследователей: геолога и археолога Иннокентия Александровича Лопатина и Александра Васильевича Адрианова, археолога и этнографа.
В книжное собрание музея вошло множество книг, переданных сотрудниками и преподавателями ТГУ. Ещё один важный источник пополнения библиотечных фондов — передача книг сторонними организациями (например, Сибирской железной дорогой) или подразделениями университета (например, юридическим факультетом).
На данный момент полного списка людей и организаций, чьи книги пополнили фонды, не существует. Сотрудники музея работают над его созданием, анализируя имеющиеся на книгах подписи и штампы.