История формирования фондов Минералогического музея началась в 1880 году, когда томский городской глава, купец и золотопромышленник Захарий Михайлович Цибульский передал в Строительный комитет по возведению здания Томского Императорского университета коллекцию образцов природных ископаемых. Коллекция включает 882 образца минералов и 138 образцов горных пород, собранных преимущественно из месторождений в Восточной и Западной Сибири (на приисках купца в Нерчинске и Минусинске). К коллекции также прилагался каталог с ее описанием.
В составе коллекции – письменный гранит или «еврейский камень». Формирования асимметричных кристаллов кварца, располагаясь внутри гранита упорядоченным образом, прорастая один в другой, образуют видимый на сколе или на полированной поверхности прерывистый рисунок, напоминающий письмена. Издревле этот узор воспринимался людьми как послания, высеченные в камне. Отсюда и многообразие схожих названий этой породы гранита у народов мира – учительский камень, рунит, рунический камень, еврейский шпат, жидовский гранит, графический пегматит, норвежский тинт, тамга-камень, рябчик или гранит апостола Матфея.